Comisión Académica de Doctorado: es la responsable de la definición, actualización, calidad y coordinación, así como del progreso de la investigación y de la formación de cada doctorando o doctoranda del programa. Está formada está formada por cuatro doctores titulares y dos suplentes pertenecientes al programa, todos ellos con experiencia investigadora acreditada. El presidente de la misma será el coordinador del programa.

Las funciones de la Comisión Académica son las siguientes:

1. Determinar las directrices y organizar la oferta y el desarrollo del programa de doctorado, velando por su excelencia académica, y proponiéndolas para su aprobación y presentación ante los órganos de gobierno de ambas universidades.
2. Proponer el coordinador del programa de doctorado. Dicha propuesta requerirá la aprobación la mayoría absoluta de los miembros de la comisión.
3. Proponer la modificación del programa.
4. Incentivar la proyección internacional del programa.
5. Potenciar la realización de actividades y acciones conjuntas de carácter formativo, investigador, divulgativo o estratégico y, en particular, la utilización por parte de los doctorandos del programa de los medios instrumentales y las infraestructuras aportadas por todas las instituciones que respaldan el programa.
6. Evaluar y asegurar la calidad del programa mediante el establecimiento y valoración de los correspondientes indicadores.
7. Ratificar el tutor y el director de tesis de cada doctorando.
8. Establecer los requisitos específicos para la admisión en el programa de doctorado de acuerdo con los criterios que se establezcan, los cuales deberán estar, en todo caso, adecuados a la normativa vigente.
9. Promover actividades formativas comunes sobre temas específicos de interés para los doctorandos participantes en el programa, contribuyendo así a que alcancen una formación más completa, avanzada e interdisciplinar.
10. Favorecer la movilidad de profesores y doctorandos, mediante las herramientas disponibles en cada momento
11. Llevar a cabo cualquier otra función relacionada con el programa de doctorado y que no esté asignada a ningún otro órgano de las respectivas universidades.